Лаборатория алгоритмических методов создана на базе Санкт-Петербургского отделения Математического института им В. А. Стеклова РАН (ПОМИ РАН) под руководством профессора Фёдора Владимировича Фомина и при поддержке Министерства образования и науки РФ (Постановление 220, «мегагрант»).